2009: Het buitenaards organisme 'IMAGE' valt de aarde binnen.
2054: De oorlog tussen mensen en de IMAGE-wezens woedt al meer dan een halve eeuw. De regering neemt drastische maatregelen en besluit de blauwe planeet te evacueren. Maar er kunnen slechts 2000 mensen worden gered…
Renton is aangetreden als jonge soldaat aan boord van het fregat Gekkô. Dit staat onder leiding van kapitein Holland Novak en zijn groep deserteurs die opereren onder de naam 'Volksbevrijdingsleger'. Renton is vastberaden om het anders op te lossen dan de regering: samen met Nirvash, zijn gevechtsrobot die hij tot in de finesses beheerst, levert Renton een genadeloze strijd tegen de IMAGES.
Maar ten diepste wil hij Eureka terugvinden, zijn jeugdvriendin die acht jaar geleden werd ontvoerd. Renton droomt er van om samen naar hun geboortestad terug te keren. Droom en werkelijkheid, oorlog en dood staan tussen Renton en Eureka in. Is hun liefde voor elkaar sterker dan het onvermijdelijke noodlot?