« Waarom ik ? » was de eerste gedachte van Rune Balot, een door een seriemoordenaar levend verbrande tienerprostituee…
Door een ongelofelijke technologie tot leven teruggebracht, wordt Rune volledig getransformeerd, als cyborg wakker. De door dokter Easter ontwikkelde, normaalgesproken verboden cyberneticatechniek, werd door een speciale aanpassing, de “Mardock Scramble 09”, geautoriseerd.
In ruil voor deze tweede kans, zal de jonge cyborg zich in de onderwereld van Mardock City, een megalopolis waar geweld en wanhoop regeert, moeten storten, op zoek naar de psychopaat die haar het leven benam…